Organización Regional de Pueblos Indígenas del Oriente
Organización indígena que trabaja en 15 cuencas (entre ellas: Putumayo, Napo, Tigre, Corrientes, Marañón, Yaquerana, Bajo Amazonas, Ucayali). Dentro de sus objetivos se encuentra la protección de sus territorios, promover el desarrollo humano, la defensa de sus derechos y la gobernanza indígena. Representa a 15 pueblos indígenas y 21 federaciones.
Organización Regional de Pueblos Indígenas de la Amazonía Norte del Perú
Tiene como objetivo la defensa de los derechos colectivos de los pueblos Wampis y Awajun. Representa a 10 federaciones, 365 comunidades y 180 comunidades tituladas.
Organización Regional Aidesep Ucayali
Se fundó en 1999. Tiene como finalidad representar y promover el desarrollo económico, social, político y cultural de los pueblos indígenas que la conforman. Representa a 13 federaciones y 15 pueblos indígenas.
Federación Nativa del Río Madre de Dios y Afluentes
Organización regional que representa a 37 comunidades del departamento de Madre de Dios (dos de ellas ubicadas en Cusco) agrupadas en siete pueblos indígenas.
Coordinadora Regional de los Pueblos Indígenas de AIDESEP Atalaya
Agrupa comunidades nativas de la provincia de Atalaya.
Coordinadora Regional de los Pueblos Indígenas de San Lorenzo
Desde su conformación en 1996 ha buscado abordar la problemática local y nacional que atañe a sus pueblos indígenas afiliados y tiene como misión institucional la defensa de los derechos de los pueblos indígenas.
