En los 80's
Tras su creación, y contando con una plataforma reivindicativa basada principalmente en la recuperación y defensa territorial, la adopción de una política educativa que fortaleciera la identidad cultural, y el mejoramiento del servicio de salud mediante la incorporación de conocimientos, técnicas y prácticas culturales de los pueblos indígenas, los dirigentes de la organización dieron inicio a una labor de difusión de sus demandas ante la sociedad y también de acercamiento a las instituciones del Estado para lograr su atención.
A mediados de los ochenta, se dio la liberación de miembros del pueblo Asháninka, esclavizados por ex hacendados en la provincia de Atalaya, Ucayali. Esta lucha, que inclusive puso en peligro la vida de dirigentes y personal de apoyo de la organización, la llevó a recibir el Premio Nobel Alternativo de la Paz, en 1986, junto al Consejo Aguaruna – Huambisa y la Coordinadora Indígena de la Cuenca Amazónica, COICA.
Como resultado de las acciones de incidencia ante el Estado, en 1988 se da inicio a la implementación del Programa de Formación de Maestros Bilingües de la Amazonía Peruana, FORMABIAP, a través de un convenio entre AIDESEP y el Ministerio de Educación. Un año después empezaría la ejecución del proceso de titulación de comunidades nativas, a través del proyecto “Titulación de tierras y reservas comunales”, para lo cual la organización suscribió un convenio con el Ministerio de Agricultura y contó con el apoyo económico del gobierno danés. Como resultado de estos esfuerzos se logró formar cientos de maestros especializados en educación bilingüe intercultural y se tituló la mayor parte de las comunidades nativas existentes en la Amazonía peruana.